​

Đến ngày 07/8/2017 Bộ Tài chính có Công văn số 10377/BTC-CST về việc hướng dẫn về quản lý và sử dụng phí để hướng dẫn cụ thể cho việc này.

Ngày 23/8/2016 Chính phủ đã ban hành Nghị định số 120/2016/NĐ-CP Quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật phí và lệ phí. Tuy nhiên  trong quá trình thực hiện có nhiều đơn vị vướng mắc về vấn đề quản lý và sử dụng tiền phí thu được đối với các trường hợp do cơ quan nhà nước thực hiện thu phí vì tại Khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP quy định phí thu từ các hoạt động dịch vụ do cơ quan nhà nước thực hiện phải nộp vào ngân sách nhà nước, trường hợp cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí thì được khấu trừ theo tỷ lệ xác định theo quy định, điều khó thực hiện là chưa xác định được tỷ lệ để lại của các loại phí.

Đến nay, Bộ Tài chính đã ban hành nhiều Thông tư hướng dẫn thu, nộp, quản lý và sử dụng nhiều loại phí, trong đó các quy định tỷ lệ được trích để lại và đến ngày 07/8/2017 Bộ Tài chính có Công văn số 10377/BTC-CST về việc hướng dẫn về quản lý và sử dụng phí, cụ thể  như sau: “Các cơ quan nhà nước thực hiện cơ chế tài chính theo quy định tại Nghị định số 130/2005/NĐ-CP ngày 17/10/2005, Nghị định số 117/2013/NĐ-CP ngày 07/10/2013 của Chính phủ quy định chế độ tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với các cơ quan nhà nước hoặc quy định của Thủ tướng Chính phủ về cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm về sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính đối với cơ quan nhà nước…” là cơ quan nhà nước thuộc diện được khoán kinh phí hoạt động thì được khấu trừ theo tỷ lệ xác định, tức là các cơ quan quản lý nhà nước có phát sinh nguồn thu phí thì được trích lại theo tỷ lệ để quản lý và sử dụng theo quy định (không phải nộp 100% vào ngân sách nhà nước).